Después de la explosión, Alex Mercer fue dado por muerto. Sin embargo, fue rescatado por una organización secreta que lo reconstruyó como QuantumEdge. Ahora, con su nueva identidad, busca descubrir la verdad detrás de la misión que casi lo mata y la organización que lo transformó. En su camino, se enfrenta a enemigos que quieren aprovechar su tecnología y a aliados que lo ayudan a entender y controlar sus nuevas habilidades.