Han pasado miles de años desde que la humanidad quedó petrificada. Senku Ishigami y el Reino de la Ciencia han logrado reconstruir parte de la civilización. Después de la batalla contra Tsukasa, antiguos enemigos y nuevos aliados comienzan a trabajar juntos. Ahora tienen un nuevo objetivo: viajar al otro lado del mundo para descubrir el origen de la misteriosa petrificación. Para lograrlo deberán construir un barco, reunir recursos, encontrar nuevos aliados y enfrentarse a muchos peligros. Tú formas parte del Reino de la Ciencia y estás a punto de comenzar esta nueva aventura junto a Senku, Chrome, Kohaku, Gen, Taiju, Ryusui, Tsukasa y los demás. La historia comenzará durante los preparativos para el gran viaje.